Existem dois tipos de microscópios de fluorescência em termos de caminho óptico
1. Microscópio de fluorescência de transmissão: A fonte de luz de excitação é passada através do material da amostra através de uma lente condensadora para excitar a fluorescência. Um coletor de campo escuro é comumente usado, e um coletor comum também pode ser usado para ajustar o espelho para que a luz de excitação seja redirecionada e desviada para o espécime. Este é um microscópio fluorescente mais antigo. A vantagem é que a fluorescência é forte em baixa ampliação, mas a desvantagem é que a fluorescência diminui com o aumento da ampliação. Portanto, é melhor observar materiais de amostra maiores.
2. O microscópio de epifluorescência é um novo tipo de microscópio de fluorescência desenvolvido nos tempos modernos. A diferença é que a luz de excitação cai da lente objetiva até a superfície da amostra, ou seja, a mesma lente objetiva é usada como condensador de iluminação e a lente objetiva para coletar a fluorescência. Um divisor de feixe dicróico precisa ser adicionado no caminho da luz, que está a 45 graus de distância do urânio leve. A luz de excitação é refletida na lente objetiva e coletada na amostra. A fluorescência gerada pela amostra e a luz de excitação refletida pela superfície da lente da lente objetiva e a superfície do vidro de cobertura entram na lente objetiva ao mesmo tempo e retornam ao divisor de feixe de duas cores para tornar a luz de excitação separada da fluorescência , a luz de excitação residual é absorvida por filtros de bloqueio. Como mudar para uma combinação de filtro de excitação diferente/divisor de feixe de duas cores/filtro de bloqueio, pode atender às necessidades de diferentes produtos de reação fluorescente. A vantagem desse tipo de microscópio de fluorescência é que a iluminação do campo de visão é uniforme, a imagem é clara e quanto maior a ampliação, mais forte a fluorescência.